Hasan Kalyoncu Üniversitesi, lisans programlarının yanı sıra yüksek lisans ve doktora programlarına da büyük bir önem vermektedir. Sosyal Bilimler ve Fen Bilimleri Enstitülerini kurmuş bulunan üniversitemiz, yüksek lisans programlarının kurulmasına öncelik vermiştir.